Pembentukan Seksi Pengawasan dan Penindakan pada unit kerja Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin adalah hasil penataan organisasi Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Pertanian sesuai dengan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22 tahun 2008 tentang Organisasi Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian. Berdasarkan peraturan tersebut, Seksi Pengawasan dan Penindakan ( Wasdak ) mempunyai tugas melakukan pengawasan dan penindakan pelanggaran peraturan perundangan-undangan di bidang karantina hewan dan karantina tumbuhan serta keamanan hayati hewani dan nabati.

Pelaksanaan tugas pokok seksi wasdak mencakup tiga kegiatan strategis yaitu : Kegiatan pre-emptif, Preventif dan Represif ( yustisial atau non yustisial )

Pelaksanaan Undang – Undang Nomor 16 tahun 1992 tentang karantina hewan,ikan dan tumbuhan dengan pelaksanaan Tindakan Karantina yang terdiri dari 8 P yaitu : Pemeriksaan, Pengasingan, Pengamatan, Perlakuan, Penahanan, Penolakan, Pemusnahan, Pembebasan.

Dalam hal terjadinya pelanggaran dibidang karantina dalam rangka peningkatan kesadaran masyarakat dan penegakan hukum dilaksanakan oleh Pejabat Penyidik Pegawai Negeri Sipil dibawah koordinasi Seksi Pengawasan dan Penindakan. Sumber Daya Manusia dalam rangka penegakan hukum dibidang karantina Balai Karantina saat ini didukung oleh pejabat PPNS, Polsus dan inteligen. Mengingat luas wilayah kerja Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin adalah seluruh pintu – pintu pengeluaran dan pemasukan di seluruh wilayah Propinsi Kalimantan Selatan, maka peningkatan sinergitas antar instansi salah satu langkah untuk mensiasati keberhasilan tugas pokok dan fungsi kewasdakan.