Kabinet Kerja telah menetapkan visi yang harus diacu oleh Kementerian/Lembaga, yaitu "Terwujudnya Indonesia Maju yang Berdaulat, Mandiri dan Berkepribadian Berlandaskan Gotong Royong."

Visi Kementerian Pertanian Republik Indonesia

Dengan memperhatikan visi pemerintah tersebut dan mempertimbangkan masalah dan tantangan yang dihadapi dalam pembangunan pertanian, maka Visi Kementerian Pertanian RI adalah: “Pertanian yang Maju, Mandiri dan Modern untuk Terwujudnya Indonesia Maju yang Berdaulat, Mandiri dan Berkepribadian Berlandaskan Gotong Royong.”

Visi Kementerian Pertanian RI di atas, selanjutnya menjadi acuan dalam penyusunan Program dan Kegiatan Badan Karantina Pertanian. Sebagai salah unit kerja Eselon I Kementerian Pertanian, “Badan Karantina Pertanian berkomitmen Menjadi Instansi yang Profesional, Tangguh dan Terpercaya dalam Perlindungan Kelestarian Sumberdaya Alam Hayati Hewan, Tumbuhan dan Keanekaragaman Hayati, Keamanan Pangan.”

Misi Kementerian Pertanian Republik Indonesia

Dalam menerapkan Misi Presiden dan Wakil Presiden, maka Kementerian Pertanian RI mendukung mewujudkan struktur ekonomi yang produktif, mandiri dan berdaya saing melalui misi Kementerian Pertanian RI, yaitu: 

1. Mewujudkan ketahanan pangan dan gizi
2. Meningkatkan Nilai Tambah dan Daya Saing Komoditas Pertanian
3. Mewujudkan kesejahteraan petani
4. Mewujudkan Kementerian Pertanian yang transparan, akuntabel, profesional dan berintegritas tinggi

Dalam kaitannya dengan tugas pokok dan fungsinya, maka dukungan Badan Karantina Pertanian terhadap pencapaian visi misi tersebut, yaitu:

1. Melindungi kelestarian sumberdaya alam hayati hewan dan tumbuhan dari serangan Hama dan Penyakit Hewan Karantina (HPHK), dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK),
2. Mendukung terwujudnya keamanan pangan
3. Memfasilitasi perdagangan dalam rangka mempertahankan dan meningkatkan akses pasar komoditas pertanian
4. Memperkuat kemitraan perkarantinaan
5. Meningkatkan citra dan kualitas layanan publik

Tugas Pokok Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin

"Melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati." (Peraturan Menteri Pertanian RI No. 47 Tahun 2020)

Fungsi Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin

Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian nomor 47 Tahun 2020, tanggal 23 Desember 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, bahwa Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin merupakan Unit Pelaksana Teknis Karantina yang beroperasi di Propinsi Kalimantan Selatan yang mempunyai tugas melaksakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati.

Dalam melaksanakan tugas, Unit Pelaksana Teknis Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin menyelenggarakan fungsi:

1. penyusunan rencana, evaluasi dan pelaporan;
2. pelaksanaan pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan,   penahanan, penolakan, pemusnahan dan pembebasan media pembawa hama penyakit hewan karantina  ( HPHK ) dan organisme pengganggu tumbuhan karantina  (OPTK);
3. pelaksanaan pemantauan daerah sebar HPHK dan OPTK;
4. pelaksanaan pembuatan koleksi HPHK dan OPTK;
5. pelaksanaan pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati;
6. pelaksanaan pemberian pelayanan operasional karantina hewan dan tumbuhan;
7. pelaksanaan pemberian pelayanan  operasional penagwasan keamanan hayati hewani dan nabati
8. pengelolaan sistem informasi, dokumentasi,  dan sarana teknik  karantina hewan dan tumbuhan;
9. pelaksanaan pengawasan dan penindakan pelanggaran peraturan perundang-undangan di bidang karantina hewan, karantina tumbuhan dan nabati;
10. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga