Laboratorium uji BKP Kelas I Banjarmasin merupakan salah satu sarana pendukung kegiatan tindakan karantina tumbuhan dan hewan. Laboratorium merupakan fasilitas yang sangat penting bagi penyelenggaraan karantina karena hasil pemeriksaan di laboratorium akan menentukan keputusan yang akan diambil tentang bebas tidaknya suatu media pembawa dari Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK) atau Hama Penyakit Hewan Karantina (HPHK).

Laboratorium BKP Kelas I Banjarmasin terletak di kantor induk yakni di wilker Trisakti. Laboratorium BKP Kelas I Banjarmasin terdiri atas laboratorium Karantina Hewan dan laboratorium Karantina Tumbuhan. Laboratorium Karantina Tumbuhan terdiri dari ruang mikologi, preparasi, rearing dan entomologi. 

Jenis pengujian yang dilakukan ialah identifikasi cendawan, bakteri, serangga, dan nematoda. Laboratorium Karantina Hewan terdiri atas ruang keamanan hayati, ruang serologi, dan ruang parasitologi.

Jenis pengujian yang mampu dilakukan ialah uji cemaran mikroba, uji HA-HI AI dan ND, RBT, uji pewarnaan gram dan giemsa, deteksi residu nitrit pada sarang burung walet, deteksi residu formalin borak pada daging dan olahannya, serta uji native parasit eksternal dan internal.

Dalam rangka memenuhi sistem manajemen mutu sesuai ISO 17025, laboratorium BKP Kelas I Banjarmasin terus melakukan pembenahan baik dari segi administrasi, teknis maupun sumber daya manusia. Laboratorium yang terakreditasi dapat menjamin tingkat ketelitian, akurasi dan validitasnya sebagai dasar untuk pengambilan keputusan yang dapat dipertanggungjawabkan, sehingga akan meningkatkan kepercayaan pengguna jasa terhadap hasil pengujian yang dilakukan oleh Laboratorium BKP Kelas I Banjarmasin.

Pada tanggal 26 November 2014 Laboratorium Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin telah terakreditasi sebagai laboratorium penguji dengan nomor LP-867-IDN. Ruang lingkup akreditasi meliputi pengujian TPC dan RBT di laboratorium Karantina Hewan, dan identifikasi Fusarium solani secara morfologi di laboratorium Karantina Tumbuhan.

Pada tanggal 01 Februari 2016 ditetapkan penambahan ruang lingkup akreditasi yaitu uji titer antibody Avian Influenza dan Uji titer antibody Newcastle Disease di laboratorium Karantina Hewan dan identifikasi lalat buah Bactrocera spp. (Bactrocera papayae, Bactrocera carambolae, Bactrocera umbrossa, Bactrocera albistrigata dan Bactrocera occipitalis) di laboratorium Karantina Tumbuhan.